①、水资源

武陵源风景名胜区年平均水资源总量约为2.0亿立方米,2008平年约为1.6亿立方米。索溪河年平均流量为2.88m³/s。

②、森林资源

武陵源风景名胜区森林覆盖率85%。武陵源风景名胜区内植物分布呈现多样性、过渡性、垂直性和古老性以及石峰上植被繁茂、种类繁多等特点。树种以乔木为主,乔木、灌木和草木相混生;以常绿为主,常绿、半常绿和落叶并存;以天然林为主,天然林与人工林相间;以阔叶林为主,阔叶林与针叶林相混生。
       根据1988年颁布的《国家重点野生植物名录》,武陵源风景名胜区内有国家一类、二类保护树种21种,其中一类有珙桐、伯乐树(钟萼木)、香果树、南方红豆杉、红豆杉5种;二类有白豆杉、篦子三尖杉、巴东木莲、鹅掌楸(马褂木)、榧树、闽楠、花榈木、紫茎、刺楸、伞花木、拟单性木兰、毛红椿、厚朴、凹叶厚朴、杜仲、榉木16种。
       据1988年初步调查,景区内有古树17科、25种、55株。其中:枫香7株,黄连木6株,枫杨4珠,缺萼枫香、樟树、桂花、柏木、武陵松各3珠,银杏、南酸枣、刺楸、黄心夜合各2株,其他12种树各1株。

③、物种资源

植物
       武陵源风景名胜区境内自然植被中,有维管束植物达193科、730属、1630种。其中木本植物107科、250属、700种,草本植物879种。木本植物中裸子植物7科、11属、17种;被子植物96科、286属、734种。白垩纪至第三纪形成的被子植物科数占世界被子植物科数的29.8%,其中最原始离心皮类的被子植物有5属11种。中生代白垩纪植物有金缕梅科、樟科等;新生代第三纪植物有八角枫科、七叶树科、山茶科、旌节花科、兰果树科等。其中古老植物有八角科、五味子科、毛茛科、金粟兰科、杨柳科、桦木科、榛科、壳斗科、桑科、榆科、杜仲科、钟萼木科、领春木科、珙桐科、大血藤科、核桃科等16科。著名的第三纪孑遗植物鹅掌楸(马褂木)散生于原始次生林中。
       动物
       据1980年中国科学院华南考察队考察,武陵源地区境内有陆生脊椎野生动物22目、58科、149种。以鸟类居多,占种数的46.9%;其次为兽类,占28.9%;爬行类占16.1%;两栖类占8.1%。属国家一类保护的3种:豹、云豹、黄腹角雉;国家二类保护的25种:猕猴、短尾猴、苏门羚、穿山甲、黑熊、大灵猫、水獭、林麝、水鹿、豺、鸳鸯、鸢、雀鹰、松雀鹰、红腹角雉、白冠长尾雉、红腹锦鸡、褐翅鸦鹃、草鸮、斑头鸺鹠、短耳鸮、长耳鸮、虎纹蛙、大鲵。其中18种被列入《濒危野生动植物国际贸易公约》。属湖南省级保护的有獐、毛冠鹿、红嘴相思鸟等54种。还有脆蛇蜥、丽纹蛇、鱼游蛇以及索溪峪景区野人井内通体透明的盲眼鱼等动物。